Los Zetas, en su tiempo de militares se capacitaron en la Escuela de las Américas cuyo objeto aparente era entrenar a los mejores oficiales mexicanos para combatir la insurgencia y narcotráfico. Pero pasado un tiempo un número creciente de ellos pasó de combatir el narcotráfico a formar parte de una red propia de narcotráfico que competía con otras organizaciones existentes.
El origen del grupo delincuente, remonta a Arturo Guzmán Decena que se dio de alta en el ejército el 12 de mayo de 1992 y desertó el 27 de septiembre de 1997, habiendo sido soldado de infantería por casi cinco años, experto en combate, entrenado por militares y paramilitares israelíes. A su baja del ejército debido a las malas condiciones laborales y los bajos salarios dentro del ejercito, se lleva con él a algunos integrantes del 70° batallón de Infantería, del 15° regimiento de caballería motorizada y de los fusileros paracaidistas.
En 1999 empieza a trabajar para Osiel Cárdenas Guillén reclutando a ex militares para crear el brazo armado del Cártel del Golfo; eventualmente empieza a reclutar a integrantes en servicio activo del batallón 15° de infantería, con cuartel general en Tamaulipas, los cuales desertaron del ejército y se integraron a los Zetas. Se dice que de este batallón salieron al menos siete elementos del Grupo Aeromóvil de Fuerzas Especiales (GAFE) 308. Arturo Guzmán Decena murió durante un enfrentamiento en noviembre del 2002 en Matamoros .
Según fuentes mexicanas y del gobierno de los Estados Unidos, los Zetas se han convertido en un problema para el cártel del golfo, pues a la caída de Osiel Cárdenas Guillén, quien fue arrestado y extraditado a los EE. UU., los Zetas adquirieron su autonomía. Según información publicada en 2008, el grupo de Los Zetas dejó de ser el brazo armado del cártel del golfo para pactar con los hermanos Beltrán Leyva y traicionar al cártel de Sinaloa comandado por Ismael Zambada García ("El Mayo") y Joaquín Guzmán Loera ("El Chapo"); últimamente estos formaron una alianza con Teodoro Eduardo García Simental "El Teo" para controlar la plaza de Tijuana.
En octubre de 2008, el diario Washington Times reportó de una advertencia por parte del FBI de que Los Zetas se están preparando para confrontar de manera violenta a las fuerzas policiacas estadounidenses que operan en el estado de Texas. El boletín informa que el líder de la célula de Los Zetas en Texas es Jaime González Durán, alias 'El Hummer', uno de los miembros fundadores de Los Zetas, quien fue capturado el 8 de noviembre del 2008 en la ciudad de Reynosa Tamaulipas. Durante esta operación, el ejército también aseguró un histórico arsenal al incautar en una casa de seguridad de los Zetas más de 400 armas de fuego, 500,000 cartuchos y 287 granadas.
A principios del mes de marzo, Los Zetas se desligaron del Cártel del Golfo.
